Pierwociny życia naszej parafii sięgają jesieni 1968 roku.
Ksiądz Kardynał Stefan Wyszyński, przejeżdżając ulicą Puławską, coraz częściej zwracał uwagę na duże bloki powstające wokół Dworca Południowego oraz ulicy Domaniewskiej. Rodzące się osiedla powodowały zatroskanie Biskupa, który czuł się odpowiedzialny za duszpasterską posługę nowym mieszkańcom. Od Placu Unii do Przybyły tylko dwa kościoły - odbudowujący się święty Michał, oraz święta Katarzyna na odległym wzgórzu Służewieckim. Sytuacja polityczna wskazywała na zupełną nierealność organizowania nowych parafii. Ks. Prymas postanowił wtedy wykorzystać małą, prywatną kapliczkę Sióstr Franciszkanek, mieszczącą się na skraju parku Królikarni, na terenie klasztoru oraz szpitala. Faktycznie była to pralnia, zaadaptowana do celów liturgicznych.

Budyneczek niski, zagrzybione mury bez izolacji nie budziły zainteresowania obiektem, ale fakt sprawowania tam Mszy św. dawał zachętę do ożywienia duszpasterstwa.

W drugiej połowie września 1968 r. Ks. Prymas wybrał mnie (ponieważ miałem dom rodzinny na Puławskiej, meldunek w pobliżu i oparcie o rodziców) na nowego rektora kaplicy i powiedział krótko: Janusz, chcę, żebyś z tej kaplicy zrobił parafię.

Bardzo szybko, bo już 8 października 1968 r. otrzymałem dekret ustanawiający "rektorat niezależny od parafii Św. Michała" z poleceniem zorganizowania duszpasterstwa dla wszystkich mieszkających w pobliżu. Szybko zrozumiałem, że mam dookoła rodziny mieszkające w blokach resortowych MSW oraz Sztabu Generalnego. Rozpoczęła się przygoda rozbudowy kaplicy, adaptowania jej do potrzeb duszpasterskich, potem, od 1971 roku również katechetycznych. Nie mogąc uzyskać jakiegokolwiek pozwolenia, ponieważ obiekt "w planach perspektywicznych" był przeznaczony do likwidacji, podejmowaliśmy z "odkrywanymi" parafianami prace właściwie nielegalne. Kaplica powoli zmieniała się, ale i konflikty z władzą nasilały się coraz bardziej.

W roku 1974 dyrektor Urzędu do Spraw Wyznań z nieukrywanym napięciem nerwowym oświadczył, że szpinak mu na dłoni wyrośnie, jeśli odbuduję kościółek mieszczący się na tym terenie, a zburzony 14 września 1944 roku, w ostatnich dniach Powstania. W piwnicach śmierć męczeńską poniosło kilka sióstr Franciszkanek i około 60 chorych ze szpitala.

Od 1970 r. do wspólnej pracy został skierowany ks. Stanisław Guzek, a od 1974 r. ks. Kazimierz Zoch-Chrabołowski. Mieliśmy już wtedy sporo młodzieży i dzieci przychodzących tu na religię.

Nowe wiatry powiały w 1980 roku. Ponownie rozpoczęliśmy starania o "odbudowę zburzonego kościoła". W marcu 1981 r. otrzymaliśmy wreszcie zgodę. Już wtedy rozrosło się osiedle Ksawerów i Domaniewska. Kościół znalazł się na skraju przyszłej parafii. Cudownym zrządzeniem Bożym, po ostrych rozmowach w Urzędzie Stołecznym otrzymaliśmy jednak na budowę inny teren - na skraju Domaniewskiej i Alei Niepodległości. Bardzo szybko rozpoznaliśmy ogromną trudność, wynikającą z kształtu działki (wąska i długa) i sąsiedztwa stacji zasilania energetycznego z kilkudziesięcioma przewodami napięcia 15kV. Pan Bóg i wtedy przyszedł nam z pomocą, bo architekci, panowie mgr Marek Martens i Leszek Korolewicz, nie tylko pracując zupełnie charytatywnie, ale wkładając w to dużo serca, znaleźli wyjście rozwiązujące kwestie architektoniczne z jednoczesnym poszukiwaniem możliwości zaadaptowania wymogów liturgii formującej się po II Soborze Watykańskim.

Udało się wkomponować budynek kościelny w kwadracie prawie co do metra, wykorzystując kształt działki i kładąc fundamenty w odległości 1 m od kabli...

W październiku 1981 r. przynieśliśmy procesjonalnie krzyż dębowy z Królikarni i 9 grudnia 1981 r. władze cywilne Warszawy wydały dekret zatwierdzający parafię. Wkrótce ogłoszono stan wojenny. Dekret Ks. Prymasa Józefa Glempa, ustanawiający teren oraz patrona parafii Najświętszej Marii Panny Matki Kościoła nosi datę 21 XII 1981 roku.

Rozpoczynają się prace przygotowawcze, projektowe, zatwierdzenia i sprowadzanie pierwszych materiałów. Czas był bardzo trudny. Może dlatego właśnie bardzo szybko znalazło się grono inżynierskie - Bogdan Osiński, Jan Ciszewski oraz Witold Szynkiewicz - ofiarowujące swoją pracę, czas, zainteresowanie i serce, a także ręce robotnicze (pierwszym robotnikiem był parafianin Sergiusz Jasiński, do dziś służący nam doświadczeniem ciesielskim). Pierwszym majstrem został Jerzy Dawidowicz, który pracował do zakończenia głównych prac konstrukcyjnych. Do końca budowy pracowali także Janusz Zembaty, Mirosław Borkowski. Przez cały czas inspektorem dozoru był inżynier Edward Kulesza. Po śmierci poprzedniego inżyniera elektryka duży wkład pracy na tym polu ofiarował nam nasz parafianin, inż. Stanisław Jeznach.

Dziś, sięgając pamięcią wstecz, trzeba powiedzieć, że cała budowa została przeprowadzona bez wielkich fundatorów. Wszystko, co zostało uczynione, zrodziło się z pomocą naszych biskupów, przyjaciół i przy zaangażowaniu bardzo wielu mieszkańców dzielnicy. Ich trud symbolicznie wyrażali niestrudzeni (a czasem upokarzani) "inkasenci", co miesiąc z cierpliwością dzwoniąc od mieszkania do mieszkania, by otrzymać deklarowana składkę.

Pierwszą łopatę ziemi, rozpoczynając prace, wykopaliśmy 1 czerwca 1982 r.

Wmurowania kamienia węgielnego dokonał ks. Prymas Józef Glemp 7 października 1982 r. A już w 1984 roku w maju była Pierwsza Komunia Św. pod stropem obecnej auli pod kaplicą. Pragnienie, żeby życie parafii koncentrować w "naszym nowym kościele" sprawiło, że od 27 X 1983 r. przenieśliśmy liturgię do dolnego kościoła, mimo braku dachu. Jesienią do środka kapały krople wody, kilka razy deszcz zalał kościół, zimą było bardzo zimno, ale entuzjazm pozwalał przetrwać poważne trudności. W całej pełni ujawniła się wtedy ogromna gorliwość księży, zakrystianek (z nieugiętą Teresą Pietrzak), organistki Magdaleny Zimny, a później Krystyny Bołtruszko, oraz bardzo wielu innych osób, poświęcających dla Boga, parafii i budowy siły, czas, marznące stawy, przeciążone kręgosłupy i napięte nerwy, bowiem dalsze prowadzenie budowy przy jednoczesnym sprawowaniu liturgii i gromadzeniu setek ludzi było heroizmem fizycznym oraz psychicznym.

Po wybudowaniu dolnego kościoła rzeczywistość potrzeb katechetycznych zmusiła do przeniesienia prac na dom katechetyczny. Od 1987 roku wróciliśmy do kościoła, by przeżyć jego poświęcenie, jeszcze w stanie prawie surowym. W pierwszym okresie rozpoczęliśmy odprawianie Mszy św. w kaplicy bocznej kościoła górnego (około 180 m kw.), a potem, 26 V 1996 r. ks. Prymas, rozpoczynając wizytację kanoniczną, poświęcił kościół górny.

Już wtedy powstał monumentalny krzyż (9,60 m wysokości) wykonany z płyt, metalu oraz ozdobiony malarstwem w stylu bizantyjskim, ukazującym sceny zbawienia przyniesionego przez Jezusa Chrystusa (obrazy wykonane przez Tomasza Milla).

Od tego momentu rozpoczęło się wypełnianie kościoła nowymi elementami malarskimi i detalami mającymi służyć wyrazistości liturgii (prezbiterium, ołtarz, stalle, oświetlenie, obrazy, konfesjonały, ławki itp). Szczególnym momentem dla życia parafii było odezwanie się dzwonów w 1994 roku.

Jest ich trzy - największy nosi imię Matki Kościoła. Ich zharmonizowany głos odzywa się w dzień powszedni o godzinie 6.45, 12.00 i 18.00; w niedzielę o godzinie 9.45, 12.00 i 18.00. Żegnają także naszych zmarłych w czasie pogrzebów. Wykonała je znana firma Jana Felczyńskiego.